Гистограмма с логарифмической шкалой и пользовательскими разрывами

Question

Гистограмма с логарифмической шкалой и пользовательскими разрывами

Я пытаюсь создать гистограмму в R с логарифмической шкалой для y. в настоящее время я делаю:

hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25))

Это дает мне гистограмму, но плотность от 0 до 1 настолько велика (около миллиона значений разницы), что вы едва можете разобрать любой из других баров.

тогда я попытался сделать:

mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), plot=FALSE)

plot(rpd_hist$counts, log="xy", pch=20, col="blue")

Это дает мне, типа чего я хочу, но дно показывает мне значения 1-6, а не 0, 1, 2, 3, 4, 5, 25. Он также показывает данные в виде точек а не бары. barplot работает, но тогда я не получу никакой нижней оси.

708 7

r histogram logarithm

7 ответов:

Comments

Ничего не найдено.

Dirk Eddelbuettel · Accepted Answer · 2009-08-07 18:14:13

гистограмма-это оценка плотности бедняка. Обратите внимание, что в вызове hist() использование аргументов по умолчанию, вы получаете частот не вероятности -- добавить ,prob=TRUE к вызову, если вы хотите вероятности.

что касается проблемы оси журнала, не используйте "x", если вы не хотите, чтобы ось x была преобразована:
plot(mydata_hist$count, log="y", type='h', lwd=10, lend=2)
получает вам бары на шкале журнала-y - внешний вид все еще немного отличается, но, вероятно, может быть изменен.

наконец, вы можно также сделать hist(log(x), ...) чтобы получить гистограмму журнала ваших данных.

Thierry · Accepted Answer · 2016-12-06 05:28:29

другой вариант - использовать пакет ggplot2.
ggplot(mydata, aes(x = V3)) + geom_histogram() + scale_x_log10()

Quinn Taylor · Accepted Answer · 2011-04-10 07:56:47

Дирк представляет собой один большой. Если вы хотите внешний вид, как то, что hist производит, вы также можете попробовать это:
buckets <- c(0,1,2,3,4,5,25)
mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=buckets, plot=FALSE)
bp <- barplot(mydata_hist$count, log="y", col="white", names.arg=buckets)
text(bp, mydata_hist$counts, labels=mydata_hist$counts, pos=1)
последняя строка является необязательной, она добавляет метки значений только под верхней частью каждого бара. Это может быть полезно для графиков масштаба журнала, но также может быть опущено.

я тоже передают main,xlab и ylab параметры для предоставления заголовка участка, метки оси x и метки оси Y.

hadley · Accepted Answer · 2009-08-11 02:55:52

из вашего вопроса не совсем ясно, хотите ли вы регистрировать ось x или регистрируемую ось y. Регистрируемая ось y не является хорошей идеей при использовании баров, потому что они привязаны к нулю, что становится отрицательной бесконечностью при регистрации. Вы можете обойти эту проблему с помощью частотного полигона или участка плотность.

user2596153 · Accepted Answer · 2013-07-18 18:11:33

запустите функцию hist () без построения графика, выполните лог-преобразование подсчетов, а затем нарисуйте фигуру.
hist.data = hist(my.data, plot=F)
hist.data$counts = log(hist.data$counts, 2)
plot(hist.data)
Он должен выглядеть так же, как обычная гистограмма, но ось y будет частотой log2.

Alice Purcell · Accepted Answer · 2011-12-02 15:15:09

Я собрал функцию, которая ведет себя идентично hist в случае по умолчанию, но принимает аргумент log. Он использует несколько трюков из других плакатов, но добавляет несколько своих собственных. hist(x) и myhist(x) выглядят одинаково.

исходная проблема будет решена с помощью:
myhist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), log="xy")
функции:
myhist <- function(x, ..., breaks="Sturges",
                   main = paste("Histogram of", xname),
                   xlab = xname,
                   ylab = "Frequency") {
  xname = paste(deparse(substitute(x), 500), collapse="\n")
  h = hist(x, breaks=breaks, plot=FALSE)
  plot(h$breaks, c(NA,h$counts), type='S', main=main,
       xlab=xlab, ylab=ylab, axes=FALSE, ...)
  axis(1)
  axis(2)
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='s')
  lines(h$breaks, c(NA,h$counts), type='h')
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='h')
  lines(h$breaks, rep(0,length(h$breaks)), type='S')
  invisible(h)
}
упражнение для читателя: к сожалению, не все, что работает с hist, работает с myhist в его нынешнем виде. Это должно быть исправимо с помощью хотя немного больше усилий.

Melissa Key · Accepted Answer · 2017-10-01 01:07:45

вот довольно ggplot2 решение:
library(ggplot2)
library(scales)  # makes pretty labels on the x-axis

breaks=c(0,1,2,3,4,5,25)

ggplot(mydata,aes(x = V3)) + 
  geom_histogram(breaks = log10(breaks)) + 
  scale_x_log10(
    breaks = breaks,
    labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
  )
обратите внимание, что для установки разрывов в geom_histogram, они должны были быть преобразованы для работы с scale_x_log10