Как я могу создать корреляционную матрицу в R?

Question

Как я могу создать корреляционную матрицу в R?

У меня есть 92 набора данных одного типа.

Я хочу сделать корреляционную матрицу для любых двух возможных комбинаций.

т. е. я хочу матрицу 92 x92.

такой, что элемент (ci, cj) должен быть корреляцией между ci и cj.

Как мне это сделать?

811 5

r matrix visualization

5 ответов:

Comments

Ничего не найдено.

Manuel Ramón · Accepted Answer · 2015-01-09 06:28:23

пример

 d &lt- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

Jot eN · Accepted Answer · 2014-07-31 21:48:56

вы можете использовать пакет 'corrplot'.
d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix
дополнительная информация здесь: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

Marc in the box · Accepted Answer · 2017-04-11 19:34:47

The кор

15

2017-04-11 19:34:47

epo3 · Accepted Answer · 2016-05-22 23:52:47

посмотреть qtlcharts. Это позволяет создавать interactive корреляционных матриц:
library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)
это более впечатляюще, когда вы коррелируете больше переменных, как в виньетке пакета:

TSeymour · Accepted Answer · 2017-05-23 15:10:11

есть и другие способы добиться этого вот: (построить корреляционную матрицу в виде графика), но мне нравится ваша версия с корреляциями в коробках. Есть ли способ добавить имена переменных в столбец x и y вместо только этих индексов? Для меня это было бы идеальным решением. Спасибо!

edit: я пытался прокомментировать сообщение [Marc in the box], но я явно не знаю, что я делаю. Тем не менее, мне удалось ответить на этот вопрос себя.

Если d-матрица (или исходный фрейм данных), а имена столбцов-это то, что вы хотите, то работает следующее:
axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
las=0 перевернул бы имена обратно в их нормальное положение, мои были длинными, поэтому я использовал las=2, чтобы сделать их перпендикулярными оси.

edit2: чтобы подавить функцию image () печать чисел на сетке (в противном случае они перекрывают ваши метки переменных), добавьте xaxt='n', например:
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')