Как сделать составляющей.интерполировать дать экстраполированный результат за пределами входного диапазона?
Я пытаюсь перенести программу, которая использует ручной интерполятор (разработанный коллегой математика), чтобы использовать интерполяторы, предоставляемые scipy. Я хотел бы использовать или обернуть scipy интерполятор так, чтобы он имел как можно более близкое поведение к старому интерполятору.
ValueError. Рассмотрим эту программу в качестве примера:
import numpy as np
from scipy import interpolate
x = np.arange(0,10)
y = np.exp(-x/3.0)
f = interpolate.interp1d(x, y)
print f(9)
print f(11) # Causes ValueError, because it's greater than max(x)
есть ли разумный способ сделать так, чтобы вместо сбоя конечная линия просто выполняла линейную экстраполяцию, продолжая градиенты, определенные первой и последними двумя точками до бесконечности.
обратите внимание, что в реальном программном обеспечении я на самом деле не использую функцию exp - это здесь только для иллюстрации!
10 ответов:
1. Постоянная экстраполяция
можно использовать
interpфункция от scipy, она экстраполирует левые и правые значения как константу за пределами диапазона:>>> from scipy import interp, arange, exp >>> x = arange(0,10) >>> y = exp(-x/3.0) >>> interp([9,10], x, y) array([ 0.04978707, 0.04978707])2. Линейная (или другая пользовательская) экстраполяция
вы можете написать оболочку вокруг функции интерполяции, которая заботится о линейной экстраполяции. Например:
from scipy.interpolate import interp1d from scipy import arange, array, exp def extrap1d(interpolator): xs = interpolator.x ys = interpolator.y def pointwise(x): if x < xs[0]: return ys[0]+(x-xs[0])*(ys[1]-ys[0])/(xs[1]-xs[0]) elif x > xs[-1]: return ys[-1]+(x-xs[-1])*(ys[-1]-ys[-2])/(xs[-1]-xs[-2]) else: return interpolator(x) def ufunclike(xs): return array(map(pointwise, array(xs))) return ufunclike
extrap1dисполняет функции интерполяции и возвращает функцию, которая также может экстраполировать. И вы можете использовать его вот так:x = arange(0,10) y = exp(-x/3.0) f_i = interp1d(x, y) f_x = extrap1d(f_i) print f_x([9,10])выход:
[ 0.04978707 0.03009069]
вы можете взглянуть на InterpolatedUnivariateSpline
вот пример его использования:
import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np from scipy.interpolate import InterpolatedUnivariateSpline # given values xi = np.array([0.2, 0.5, 0.7, 0.9]) yi = np.array([0.3, -0.1, 0.2, 0.1]) # positions to inter/extrapolate x = np.linspace(0, 1, 50) # spline order: 1 linear, 2 quadratic, 3 cubic ... order = 1 # do inter/extrapolation s = InterpolatedUnivariateSpline(xi, yi, k=order) y = s(x) # example showing the interpolation for linear, quadratic and cubic interpolation plt.figure() plt.plot(xi, yi) for order in range(1, 4): s = InterpolatedUnivariateSpline(xi, yi, k=order) y = s(x) plt.plot(x, y) plt.show()
начиная с версии SciPy 0.17.0, есть новая опция для scipy.интерполировать.interp1d это позволяет экстраполировать. Просто установите fill_value= 'экстраполировать' в вызове. Изменение кода таким образом дает:
import numpy as np from scipy import interpolate x = np.arange(0,10) y = np.exp(-x/3.0) f = interpolate.interp1d(x, y, fill_value='extrapolate') print f(9) print f(11)и выход:
0.0497870683679 0.010394302658
Как насчет scipy.интерполировать.splrep (со степенью 1 и без сглаживания):
>> tck = scipy.interpolate.splrep([1, 2, 3, 4, 5], [1, 4, 9, 16, 25], k=1, s=0) >> scipy.interpolate.splev(6, tck) 34.0он, кажется, делает то, что вы хотите, так как 34 = 25 + (25 - 16).
вот альтернативный метод, который использует только пакет numpy. Он использует функции массива numpy, поэтому может быть быстрее при интерполяции / экстраполяции больших массивов:
import numpy as np def extrap(x, xp, yp): """np.interp function with linear extrapolation""" y = np.interp(x, xp, yp) y = np.where(x<xp[0], yp[0]+(x-xp[0])*(yp[0]-yp[1])/(xp[0]-xp[1]), y) y = np.where(x>xp[-1], yp[-1]+(x-xp[-1])*(yp[-1]-yp[-2])/(xp[-1]-xp[-2]), y) return y x = np.arange(0,10) y = np.exp(-x/3.0) xtest = np.array((8.5,9.5)) print np.exp(-xtest/3.0) print np.interp(xtest, x, y) print extrap(xtest, x, y)Edit: предложенная Марком Микофски модификация функции "extrap":
def extrap(x, xp, yp): """np.interp function with linear extrapolation""" y = np.interp(x, xp, yp) y[x < xp[0]] = yp[0] + (x[x<xp[0]]-xp[0]) * (yp[0]-yp[1]) / (xp[0]-xp[1]) y[x > xp[-1]]= yp[-1] + (x[x>xp[-1]]-xp[-1])*(yp[-1]-yp[-2])/(xp[-1]-xp[-2]) return y
Это может быть быстрее, чтобы использовать логическое индексации С большие наборы данных, так как алгоритм проверяет, находится ли каждая точка вне интервала, тогда как логическое индексирование позволяет легче и быстрее сравнивать.
например:
# Necessary modules import numpy as np from scipy.interpolate import interp1d # Original data x = np.arange(0,10) y = np.exp(-x/3.0) # Interpolator class f = interp1d(x, y) # Output range (quite large) xo = np.arange(0, 10, 0.001) # Boolean indexing approach # Generate an empty output array for "y" values yo = np.empty_like(xo) # Values lower than the minimum "x" are extrapolated at the same time low = xo < f.x[0] yo[low] = f.y[0] + (xo[low]-f.x[0])*(f.y[1]-f.y[0])/(f.x[1]-f.x[0]) # Values higher than the maximum "x" are extrapolated at same time high = xo > f.x[-1] yo[high] = f.y[-1] + (xo[high]-f.x[-1])*(f.y[-1]-f.y[-2])/(f.x[-1]-f.x[-2]) # Values inside the interpolation range are interpolated directly inside = np.logical_and(xo >= f.x[0], xo <= f.x[-1]) yo[inside] = f(xo[inside])в моем случае, с набором данных 300000 точек, это означает скорость от 25,8 до 0,094 секунды, это более чем в 250 раз быстрее.
Я сделал это, добавив точку в мои начальные массивы. Таким образом, я избегаю определения самодельных функций, и линейная экстраполяция (в примере ниже: правая экстраполяция) выглядит нормально.
import numpy as np from scipy import interp as itp xnew = np.linspace(0,1,51) x1=xold[-2] x2=xold[-1] y1=yold[-2] y2=yold[-1] right_val=y1+(xnew[-1]-x1)*(y2-y1)/(x2-x1) x=np.append(xold,xnew[-1]) y=np.append(yold,right_val) f = itp(xnew,x,y)
Я боюсь, что это не так просто сделать в Scipy, насколько мне известно. Вы можете, как я уверен, что вы знаете, отключить ошибки границ и заполнить все значения функций за пределами диапазона константой, но это не очень помогает. Смотрите этот вопрос в списке рассылки для некоторых других идей. Может быть, вы могли бы использовать какую-то кусочную функцию, но это похоже на большую боль.
стандартная интерполяция + линейная экстраполяция:
def interpola(v, x, y): if v <= x[0]: return y[0]+(y[1]-y[0])/(x[1]-x[0])*(v-x[0]) elif v >= x[-1]: return y[-2]+(y[-1]-y[-2])/(x[-1]-x[-2])*(v-x[-2]) else: f = interp1d(x, y, kind='cubic') return f(v)
ниже код дает вам простой модуль экстраполяции. k - это значение, к которому относится набор данных y должен быть экстраполирован на основе набора данных x. The модуль.
def extrapol(k,x,y): xm=np.mean(x); ym=np.mean(y); sumnr=0; sumdr=0; length=len(x); for i in range(0,length): sumnr=sumnr+((x[i]-xm)*(y[i]-ym)); sumdr=sumdr+((x[i]-xm)*(x[i]-xm)); m=sumnr/sumdr; c=ym-(m*xm); return((m*k)+c)
Comments