Изображения оттолкнулись от слайдов в выводе бимера из R markdown

Это сложная проблема, потому что набирать текст сложно. Rmarkdown хорошо скрывает множество сложных деталей, но если вы хотите набирать текст, вам нужно набирать текст. Это даже в латексе трудно, как вы увидите. Есть так много движущихся частей, например подписи и легенды, рендеринга изображения, которое затем включается в промежуточный файл .tex, так что pandoc может сделать ваш .pdf. Полностью обобщаемое решение невозможно, не требуя большого количества вводимых данных (чего вы пытаетесь избежать в первое место).

Я не думаю, что создание презентаций Beamer само по себе несовместимо с воспроизводимыми исследованиями, но является законным результатом, вероятно, наряду с другими отчетами. Но перед запуском в Latex, вы должны рассмотреть очень простой обходной путь, только помещая графику и никакого текста на каждом слайде. Это надежно вписывается в изображение на слайде. Затем вы можете использовать аннотации в ggplot2 для добавления дополнительного текста. Вот что я бы сделал.

Следующий Rmarkdown использует сложный бит встроенного латекса, чтобы сделать более-менее то, что вы хотите. Он ограничивает изображение нижней половиной экрана (но это можно изменить, если вы узнаете больше о tikz...), но масштабирует изображение до оставшегося размера страницы по мере увеличения верхнего текстового блока. Он также, конечно, масштабирует все ваши легенды, но вы можете потенциально настроить их в ggplot2.

---
title: "Some beamer slides with figures"
author: Somebody
date: November 06, 2015
output:
  beamer_presentation:
    keep_tex: yes
header-includes:
- \usepackage{graphicx}
- \usepackage{tikzpagenodes}
- \usetikzlibrary{calc}
- \usepackage{caption}
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.path="figures/beamer-example/")

library(ggplot2)
```

```{r}
mtcars$gear <- factor(mtcars$gear,levels=c(3,4,5),
   labels=c("3gears","4gears","5gears"))
mtcars$am <- factor(mtcars$am,levels=c(0,1),
   labels=c("Automatic","Manual"))
mtcars$cyl <- factor(mtcars$cyl,levels=c(4,6,8),
   labels=c("4cyl","6cyl","8cyl"))
```
## A default plot

```{r mpg-plot}
qplot(mpg, data=mtcars, geom="density", fill=gear, alpha=I(.5),
   main="Distribution of Gas Milage", xlab="Miles Per Gallon",
   ylab="Density")
```

## test

  - some text which
  - fills vertical 
  - space

\begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
    % Caption
    \node [anchor=south west,outer sep=0pt,inner sep=0pt,text width=\textwidth] (caption) at (current page text area.south west) {%
    };
    % Image
    \path let \p0 = (0,0), \p1 = (caption.north) in
        node [inner sep=0pt,outer sep=0pt,anchor=south] at (\x1,\y1) {%
            \pgfmathsetmacro\imgheight{\y0-\y1-\abovecaptionskip}%
            \includegraphics[height=\imgheight pt,width=\textwidth,keepaspectratio]{figures/beamer-example/mpg-plot-1}%
    };
\end{tikzpicture}

## test2

  - some text which
  - fills vertical 
  - space
  - but squashes
  - the image badly

\begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
    % Caption
    \node [anchor=south west,outer sep=0pt,inner sep=0pt,text width=\textwidth] (caption) at (current page text area.south west) {%
    };
    % Image
    \path let \p0 = (0,0), \p1 = (caption.north) in
        node [inner sep=0pt,outer sep=0pt,anchor=south] at (\x1,\y1) {%
            \pgfmathsetmacro\imgheight{\y0-\y1-\abovecaptionskip}%
            \includegraphics[height=\imgheight pt,width=\textwidth,keepaspectratio]{figures/beamer-example/mpg-plot-1}%
    };
\end{tikzpicture}

## test3
\begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
    % Caption
    \node [anchor=south west,outer sep=0pt,inner sep=0pt,text width=\textwidth] (caption) at (current page text area.south west) {%
    };
    % Image
    \path let \p0 = (0,0), \p1 = (caption.north) in
        node [inner sep=0pt,outer sep=0pt,anchor=south] at (\x1,\y1) {%
            \pgfmathsetmacro\imgheight{\y0-\y1-\abovecaptionskip}%
            \includegraphics[height=\imgheight pt,width=\textwidth,keepaspectratio]{figures/beamer-example/mpg-plot-1}%
    };
\end{tikzpicture}

Вы можете прочитать некоторые кровавые детали в: https://tex.stackexchange.com/questions/14512/how-to-define-a-figure-size-so-that-it-consumes-the-rest-of-a-page