Как рассчитать пространство между срезами dicom для MPR?

Из-за отображения MPR-представления на основе Dicoms. Я сделал 3D массив из серии файлов dicom. И я показываю его с корональной и сагиттальной сторон.



My 3D array includes: 



 - z = count of dicoms

 - c = column value for every dicoms

 - r = Row value for every dicoms


, но у меня есть проблема. Когда есть некоторое пространство между срезами, изображение, сделанное таким образом, не показывает правильный вид. Потому что я не могу думать о симуляции расстояния между ними!



Я не знаю, как вычислить расстояние между срезами? Я хочу добавить дополнительное пространство между ломтиками. например, если расстояние между срезами равно 4. Я должен добавить 4 раза z внутренних ломтиков.



Я надеюсь достичь своего среднего.

407   3  

3 ответов:

DICOM имеет атрибут, называемый расстоянием между срезами (0018, 0088), который дает расстояние между двумя соседними срезами (перпендикулярно плоскости изображения), а также атрибут, называемый толщиной среза (0018, 0050), который дает толщину изображаемого среза (плоскость изображения существует в центре среза, половина объема над плоскостью и половина ниже). Положение изображения (пациент) (0020, 0032) и ориентация изображения (пациент) (0020, 0037) также являются полезными атрибутами для вычисление пространственных отношений между срезами.

Для более детального объяснения см. раздел С. 7.6.2 части 3 стандарта DICOM. (стр. 409)

14  
2013-02-18 21:51:58

Положение изображения (пациент) и ориентация изображения (пациент) - это дваединственных атрибута, которые следует использовать при вычислении расстояния между срезами. Более подробно смотрите здесь или здесь. Для фактической реализации см. здесь , эта реализация также учитывает фрейм отсчета UID.

Этот вопрос-Вопрос № 1, заданный на comp.протоколы.диком.

Пожалуйста, смотрите ошибка ImageJ

Я верю, что ответ от @Matt ошибочен, позвольте мне прояснить здесь несколько вещей.

  • No: "DICOM не имеет атрибута , называемого расстоянием между срезами". Это очень неправильно (технически это даже ничего не значит).

DICOM определяет IoD, которые определяют набор обязательных атрибутов, доступных в экземпляре класса SOP. Давайте рассмотрим два очень распространенных случаях: хранение изображения КТ (наследие) и МР изображения хранения (наследие). Поэтому нам нужно сравнить набор атрибутов между ними:

  1. модули иод изображения КТ
  2. модули MR Image IOD
Теперь предположим, что мы хотим проверить, поддерживает ли MR Image Storage Spacing Between Slices, легко перейти к: Однако гораздо труднее найти этот атрибут для хранения изображений КТ: просто потому, что этот атрибут не существует (по стандарту). Таким образом, единственный раз, когда вы найдете такой атрибут, будет в пределах extended SOP Class (некоторые поставщики могут решить, что интервал между фрагментами атрибута имеет смысл в пределах там extended SOP Class Instance).
  • смешивание в одном и том же ответе интервалов между срезами и толщины среза (0018,0050) очень запутывает новых пользователей.
Я согласен, что толщина среза идеально определена в стандарте как для хранения изображений КТ, так и для хранения изображений МР, поскольку они оба включают атрибуты модуля плоскости изображения , однако давайте не будем менять одно на другое.

Я нашел здесь хорошую сводку толщины среза и расстояния между срезами (если вы прокрутите раздел, вы даже можете воспроизвести небольшую демонстрацию):

В step и shoot CT толщина среза и расстояние между срезами идентичны, поэтому здесь нет большой проблемы. Однако для спиральной КТ эти значения не одинаковы и могут изменяться в любом направлении (они независимый).

[...] толщина среза определяется шириной и шагом детектора., в то время как интервал реконструкции (=расстояние между срезами) может быть выбран произвольно. [...]

В заключение вычислить (безопасно!) расстояние между срезами (=интервал восстановления), гораздо безопаснее использовать ориентацию изображения (пациент) и положение изображения (пациент), так как они доступны в экземплярах хранения изображений MR или CT.

13  
2017-01-25 10:49:45

Как обсуждалось в предыдущих ответах, вычислить пространство между срезами DICOM не так просто. Давайте сформулируем вопрос иначе: как хранить DICOM-фрагменты в 3D-томе, то есть список равноудаленных фрагментов для рендеринга (думаю, вы хотите загрузить в 3D-текстуру).

Это связано с тем, что фактическое положение, в котором снимается срез КТ, может не совпадать с положением, выбранным рентгенологом. Набор данных может быть настроен для захвата срезов размером 1 мм, но КТ возвращает срезы в позиции 0.0 мм, 0.997 мм, 2.010 мм...

Если вы используете такой атрибут, как расстояние между срезами, чтобы вычислить размер 3D-Тома, вы легко получите тонкие ошибки округления. Не ходи туда.

Скорее важно использовать положение изображения (пациента) (0020, 0032), а затем выполнить оптимизацию, чтобы выяснить, как срезы могут быть помещены в сетку.

Типичные задачи на практике для рассмотрения:

  • недостающие фрагменты (интерполировать? Разрыв?)
  • из шаговых срезов (аппаратный дефект? дефект данных?)
1  
2018-04-11 00:21:04

Comments

    Ничего не найдено.
Click here to cancel reply.