Приложение Spring Boot Multi Module с @SpringBootConfiguration

Из весенней документации:

Приложение должно включать только один @SpringBootConfiguration и большинство идиоматических приложений Spring Boot унаследуют его от @SpringBootApplication.

Ты сказал:

Потому что и jpaBase, и actual_project имеют классы с аннотациями @SpringBootConfiguration.

Этого не должно быть. Эта аннотация должна быть использована один раз приложением. Итак, только actual_project и parent_project какие приложения Spring Boot должны объявить эту аннотацию.

@SpringBootConfiguration заменяет объявление этих аннотаций:
@Configuration, @EnableAutoConfiguration и еще @ComponentScan

У вас есть информация в официальной документации.

Итак, в вашем проекте jpaBase вы можете заменить @SpringBootConfiguration объявлением этих трех аннотаций:

@Configuration
@EnableAutoConfiguration
@ComponentScan({ "yourPackage" })
public class JpaConfig {
   ....
}