Установка флага std=c99 в GCC

вместо /usr/bin/gcc используйте /usr/bin/c99. Это единственный Unix-одобренный способ вызова компилятора C99. На системе Ubuntu, это указывает на скрипт, который вызывает gcc после добавления -std=c99 флаг, который именно то, что вы хотите.