Spark-загрузить CSV-файл в качестве фрейма данных?



Я хотел бы прочитать CSV в spark и преобразовать его в виде фрейма данных и сохранить его в HDFS с df.registerTempTable("table_name")



Я пробовал:



scala> val df = sqlContext.load("hdfs:///csv/file/dir/file.csv")


ошибка, которую я получил:



java.lang.RuntimeException: hdfs:///csv/file/dir/file.csv is not a Parquet file. expected magic number at tail [80, 65, 82, 49] but found [49, 59, 54, 10]
at parquet.hadoop.ParquetFileReader.readFooter(ParquetFileReader.java:418)
at org.apache.spark.sql.parquet.ParquetRelation2$MetadataCache$$anonfun$refresh.apply(newParquet.scala:277)
at org.apache.spark.sql.parquet.ParquetRelation2$MetadataCache$$anonfun$refresh.apply(newParquet.scala:276)
at scala.collection.parallel.mutable.ParArray$Map.leaf(ParArray.scala:658)
at scala.collection.parallel.Task$$anonfun$tryLeaf.apply$mcV$sp(Tasks.scala:54)
at scala.collection.parallel.Task$$anonfun$tryLeaf.apply(Tasks.scala:53)
at scala.collection.parallel.Task$$anonfun$tryLeaf.apply(Tasks.scala:53)
at scala.collection.parallel.Task$class.tryLeaf(Tasks.scala:56)
at scala.collection.parallel.mutable.ParArray$Map.tryLeaf(ParArray.scala:650)
at scala.collection.parallel.AdaptiveWorkStealingTasks$WrappedTask$class.compute(Tasks.scala:165)
at scala.collection.parallel.AdaptiveWorkStealingForkJoinTasks$WrappedTask.compute(Tasks.scala:514)
at scala.concurrent.forkjoin.RecursiveAction.exec(RecursiveAction.java:160)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinTask.doExec(ForkJoinTask.java:260)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool$WorkQueue.runTask(ForkJoinPool.java:1339)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool.runWorker(ForkJoinPool.java:1979)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinWorkerThread.run(ForkJoinWorkerThread.java:107)


какова правильная команда для загрузки CSV-файла в качестве фрейма данных в Apache Spark?

890   8  

8 ответов:

spark-csv является частью основной функциональности Spark и не требует отдельной библиотеки. Так что вы могли бы просто сделать, например

df = spark.read.format("csv").option("header", "true").load("csvfile.csv")

разбор CSV в качестве фрейма данных / набора данных с помощью Spark 2.x

инициализации SparkSession объект по умолчанию он будет доступен в раковинах как spark

val spark = org.apache.spark.sql.SparkSession.builder
        .master("local")
        .appName("Spark CSV Reader")
        .getOrCreate;

используйте любой из следующих способов загрузки CSV как DataFrame/DataSet

1. Сделайте это программно

 val df = spark.read
         .format("csv")
         .option("header", "true") //reading the headers
         .option("mode", "DROPMALFORMED")
         .load("hdfs:///csv/file/dir/file.csv")

2. вы можете сделать это в SQL как ну

 val df = spark.sql("SELECT * FROM csv.`csv/file/path/in/hdfs`")

зависимости:

 "org.apache.spark" % "spark-core_2.11" % 2.0.0,
 "org.apache.spark" % "spark-sql_2.11" % 2.0.0,


Spark version
val df = sqlContext.read
    .format("com.databricks.spark.csv")
    .option("header", "true") 
    .option("mode", "DROPMALFORMED")
    .load("csv/file/path"); 

зависимости:

"org.apache.spark" % "spark-sql_2.10" % 1.6.0,
"com.databricks" % "spark-csv_2.10" % 1.6.0,
"com.univocity" % "univocity-parsers" % LATEST,

С Spark 2.0, ниже, как вы можете прочитать CSV

val conf = new SparkConf().setMaster("local[2]").setAppName("my app")
val sc = new SparkContext(conf)
val sparkSession = SparkSession.builder
  .config(conf = conf)
  .appName("spark session example")
  .getOrCreate()

val path = "/Users/xxx/Downloads/usermsg.csv"
val base_df = sparkSession.read.option("header","true").
  csv(path)

это для которого Hadoop 2.6 и Spark 1.6 и без пакета" databricks".

import org.apache.spark.sql.types.{StructType,StructField,StringType,IntegerType};
import org.apache.spark.sql.Row;

val csv = sc.textFile("/path/to/file.csv")
val rows = csv.map(line => line.split(",").map(_.trim))
val header = rows.first
val data = rows.filter(_(0) != header(0))
val rdd = data.map(row => Row(row(0),row(1).toInt))

val schema = new StructType()
    .add(StructField("id", StringType, true))
    .add(StructField("val", IntegerType, true))

val df = sqlContext.createDataFrame(rdd, schema)

в Java 1.8 этот фрагмент кода отлично работает для чтения CSV-файлов

пом.xml

<dependency>
    <groupId>org.apache.spark</groupId>
    <artifactId>spark-core_2.11</artifactId>
    <version>2.0.0</version>
</dependency>
<!-- https://mvnrepository.com/artifact/org.apache.spark/spark-sql_2.10 -->
<dependency>
    <groupId>org.apache.spark</groupId>
    <artifactId>spark-sql_2.10</artifactId>
    <version>2.0.0</version>
</dependency>

<!-- https://mvnrepository.com/artifact/org.scala-lang/scala-library -->
<dependency>
    <groupId>org.scala-lang</groupId>
    <artifactId>scala-library</artifactId>
    <version>2.11.8</version>
</dependency>
<dependency>
    <groupId>com.databricks</groupId>
    <artifactId>spark-csv_2.10</artifactId>
    <version>1.4.0</version>
</dependency>

Java

SparkConf conf = new SparkConf().setAppName("JavaWordCount").setMaster("local");
// create Spark Context
SparkContext context = new SparkContext(conf);
// create spark Session
SparkSession sparkSession = new SparkSession(context);

Dataset<Row> df = sparkSession.read().format("com.databricks.spark.csv").option("header", true).option("inferSchema", true).load("hdfs://localhost:9000/usr/local/hadoop_data/loan_100.csv");

        //("hdfs://localhost:9000/usr/local/hadoop_data/loan_100.csv");
System.out.println("========== Print Schema ============");
df.printSchema();
System.out.println("========== Print Data ==============");
df.show();
System.out.println("========== Print title ==============");
df.select("title").show();

пример Пенни Spark 2-это способ сделать это в spark2. Есть еще один трюк: создайте этот заголовок для вас, выполнив начальное сканирование данных, установив опцию inferSchema to true

вот, допустим, что spark это сеанс spark, который вы настроили, это операция загрузки в индексный файл CSV всех изображений Landsat, которые amazon размещает на S3.

  /*
   * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
   * contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
   * this work for additional information regarding copyright ownership.
   * The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
   * (the "License"); you may not use this file except in compliance with
   * the License.  You may obtain a copy of the License at
   *
   *    http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
   *
   * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
   * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
   * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
   * See the License for the specific language governing permissions and
   * limitations under the License.
   */

val csvdata = spark.read.options(Map(
    "header" -> "true",
    "ignoreLeadingWhiteSpace" -> "true",
    "ignoreTrailingWhiteSpace" -> "true",
    "timestampFormat" -> "yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSZZZ",
    "inferSchema" -> "true",
    "mode" -> "FAILFAST"))
  .csv("s3a://landsat-pds/scene_list.gz")

плохая новость: это вызывает сканирование через файл; для чего-то большого как этот 20 + MB zipped CSV-файл, который может занять 30 секунд в течение длительного времени соединения. Имейте это в виду: вам лучше вручную кодировать схему, как только вы ее получите.

(фрагмент кода Apache Software License 2.0 лицензирован, чтобы избежать всякой двусмысленности; что-то я сделал в качестве демонстрационного/интеграционного теста интеграции S3)

формат файла по умолчанию-паркет с искрой.читать.. и файл чтения csv, поэтому вы получаете исключение. Укажите формат csv с помощью api, который вы пытаетесь использовать

есть много проблем с разбором CSV-файла, он продолжает складываться, если размер файла больше, если в значениях столбцов есть неанглийские/escape/separator/другие символы, которые могут вызвать ошибки разбора.

магия тогда находится в параметрах, которые используются. Те, которые работали для меня и надеюсь, должны охватывать большинство крайних случаев в коде ниже:

### Create a Spark Session
spark = SparkSession.builder.master("local").appName("Classify Urls").getOrCreate()

### Note the options that are used. You may have to tweak these in case of error
html_df = spark.read.csv(html_csv_file_path, 
                         header=True, 
                         multiLine=True, 
                         ignoreLeadingWhiteSpace=True, 
                         ignoreTrailingWhiteSpace=True, 
                         encoding="UTF-8",
                         sep=',',
                         quote='"', 
                         escape='"',
                         maxColumns=2,
                         inferSchema=True)

надеюсь, что это поможет. Для получения дополнительной информации см.:использование PySpark 2 для чтения CSV с HTML-источником код

Примечание: приведенный выше код из Spark 2 API, где CSV-файл чтения API поставляется в комплекте со встроенными пакетами Spark installable.

Примечание: PySpark-это оболочка Python для Spark и использует тот же API, что и Scala/Java.

Comments

    Ничего не найдено.