Каков наилучший способ использования R-скриптов в командной строке (терминале)?

Question

Каков наилучший способ использования R-скриптов в командной строке (терминале)?

очень удобно иметь R-скрипты для выполнения простых графиков из командной строки. Однако запуск R из сценариев bash совсем не удобен. Идеальным может быть что-то вроде

#!/path/to/R

...

или

#!/usr/bin/env R

...

но я не смог заставить ни один из них работать.

другой вариант-Сохранить скрипты чисто в R, например script.R, и вселить его в R --file=script.R или аналогичные. Однако иногда сценарий будет полагаться на неясную командную строку переключатели в какой момент часть кода существует вне сценария. Пример: кража вещей в R из bash через локальный .Rprofile, нужные переключатели тогда все --vanilla подразумевает, кроме --no-init-file.

другой вариант-это сценарий bash для хранения флагов R и безболезненного выполнения, который затем вызывает сценарий R. Проблема в том, что это означает, что одна программа только что разделилась на два файла, которые теперь должны быть синхронизированы, перенесены на новые машины вместе, так далее.

вариант, который я в настоящее время презираю меньше всего, - это встраивание R в сценарий bash:

#!/bin/bash

... # usage message to catch bad input without invoking R

... # any bash pre-processing of input

... # etc

R --random-flags <<RSCRIPT

# R code goes here

RSCRIPT

все в одном файле. Это исполняемый файл и легко обрабатывает аргументы. Проблема в том, что сочетание bash и R, подобное этому, в значительной степени исключает возможность того, что любая IDE не потерпит неудачу на одном или другом, и заставляет мое сердце болеть очень плохо.

есть ли какой-то лучший способ, который я пропустил?

549 12

r bash

12 ответов:

Comments

Ничего не найдено.

Adam Stelmaszczyk · Accepted Answer · 2013-06-08 16:44:20

контент script.r:
#!/usr/bin/Rscript

cat("Hello")
вызов из командной строки:
./script.r

Jouni K. Seppänen · Accepted Answer · 2013-02-05 01:33:21

попробовать меньше. littler обеспечивает hash-bang (т. е. скрипт, начинающийся с #!/some / path) возможность для GNU R, а также простое использование командной строки и трубопроводов.

score 9 · Accepted Answer · 2009-05-05 06:50:25

#!/path/to/R не будет работать, потому что R сам по себе скрипт, так что execve несчастен.

Я использую R --slave -f script

The_Cute_Hedgehog · Accepted Answer · 2013-02-11 10:09:30

ответ Мигеля Санчеса таков, каким он должен быть. Другим способом выполнения Rscript может быть команда " env " для запуска системного RScript.
#!/usr/bin/env Rscript

phatrick · Accepted Answer · 2011-03-14 14:13:40

Если вы заинтересованы в разборе аргументов командной строки для сценария R, попробуйте RScript, который поставляется с R начиная с версии 2.5.x

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

hernamesbarbara · Accepted Answer · 2014-02-26 00:22:07

это работает.
#!/usr/bin/Rscript
но я не знаю, что произойдет, если на вашем компьютере установлено более 1 версии R.

Если вы делаете это так
#!/usr/bin/env Rscript
Он говорит интерпретатору просто использовать то, что R появляется первым на вашем пути.

John · Accepted Answer · 2015-01-15 17:32:55

хочу добавить к этому посту. Более поздние версии R Кажется, похоронили Rscript несколько. Для R 3.1.2-1 на OSX скачал Jan 2015 я нашел Rscript на
/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript
Итак, вместо чего-то вроде #! /sw/bin/Rscript, мне нужно было использовать следующее в верхней части моего скрипта.
#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript
The locate Rscript может быть полезным для вас.

Andrew Aylett · Accepted Answer · 2009-04-16 01:07:38

Если программа, которую вы используете для выполнения вашего скрипта, нуждается в параметрах, вы можете поместить их в конец #! линия:
#!/usr/bin/R --random --switches --f
не зная R, я не могу проверить правильно, но это, кажется, работает:
axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$

ramanujan · Accepted Answer · 2009-04-17 23:35:26

возможно, вы захотите использовать модуль rpy2 python. Однако "правильный" способ сделать это-с помощью пакета R CMD. Вы можете изменить это, чтобы записать в STDOUT, но по умолчанию это запись в a .Разгромный файл. Смотрите пример ниже:
[ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721
Примечание: Вы хотите попробовать --vanilla и другие варианты, чтобы удалить все запуска cruft.

Tom · Accepted Answer · 2013-09-30 02:35:41

попробуйте smallR для написания быстрых R скриптов в командной строке:

http://code.google.com/p/simple-r/

( в каталоге)

построение из командной строки с помощью smallR будет выглядеть так:
r -p file.txt

score -1 · Accepted Answer · 2009-04-15 12:14:06

следующие работы для меня с помощью MSYS bash на Windows-у меня нет R на моем Linux box, поэтому не могу попробовать его там. Вам нужно два файла - первый называется runr выполняет R с параметром file
# this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=
вам нужно сделать этот исполняемый файл с chmod +x runr.

затем в файле скрипта:
#!runr
# some R commands
x = 1
x
обратите внимание на #! линия runr, возможно, потребуется указать полный путь к runr, в зависимости от того, как вы используете команду, как ваша переменная пути установлена и т. д.

не очень, но это, кажется, работает!

czxttkl · Accepted Answer · 2015-04-18 04:10:13

вы когда-нибудь знали, что вы можете использовать свой браузер для использования RStudio на сервере?

http://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/